Sejak satu tahun terakhir ini, Universitas PGRI Yogyakarta sudah banyak mengelola kegiatan kerja sama secara melembaga yang dilakukan oleh para dosen di fakultas maupun program studi yang ada. kerja sama tersebut sudah barang tentu akan semakin meningkat, baik kuantitasnya maupun kualitasnya pada masa-masa mendatang. Hal ini sejalan dengan semakin terbukanya arus informasi dan meningkatnya hasrat saling membutuhkan di antara berbagai institusi, baik akademik maun non-akademik. Oleh karena itu, keunggulan dan kekuatan yang dimiliki oleh Universitas PGRI Yogyakarta perlu dimanfaatkan sebesar‑besarnya untuk menangkap peluang-peluang yang ada di lingkungan eksternalnya.
Pada hari rabu 31 Januari 2018 telah ditandatangani nota kesepahaman Universitas PGRI Yogyakarta dengan MGMP Sejarah Kabupaten Bantul yang meliputi penelitian bersama, pengabdian kepada masyarakat, kegiatan musyawaroh bersama dan promosi penerimaan mahasiswa baru UPY.